Многие первые заболевшие имели отношение к рынку Уханя, на котором продаются морепродукты, а также птицы, змеи, летучие мыши и сельскохозяйственные животные. Поскольку в ходе расшифровки генома коронавируса в нём были обнаружены составные части, близкие коронавирусам летучих мышей и панголинов, то предполагалось, что на пространстве Уханьского рынка морепродуктов произошла встреча летучих мышей и панголинов, создавшая условия для рекомбинации коронавирусов этих животных. Впервые версия появилась в заявлении городских властей Уханя 31 декабря 2019 года, на следующий день после того, как за выяснение происхождения нового вируса взялось руководство Уханьского института вирусологии. Согласно муниципальным отчетам, летучие мыши никогда не продавались на местном рынке, а панголины занесены в Красную книгу. Посол КНР в России утверждает, что коронавирус был завезен на рынок неким инфицированным человеком, после чего вспыхнула эпидемия.
30 декабря 2019 года власти Уханя направили в Уханьский институт вирусологии запрос — провести проверку на предмет того, не было ли в УИВ неправильного обращения с экспериментальными материалами. 31 декабря Ши Чжэнли начала проверку своей лаборатории на предмет возможной утечки из неё коронавируса. 6 февраля профессор Ботао Сяо опубликовал статью, в которой высказал версию о возможном происхождении нового коронавируса в УИВ. 7 февраля Ши Чжэнли заявила, что коронавирус не имеет отношения к её лаборатории.
